אנדודונטיה היא תחום העוסק במחלות שורש השן ובמחלות באזור סב חוד השורש בלסת. מומחה לאנדודונטיה מטפל במקרים מורכבים של טיפולי שורש, כגון טיפול בתעלות שורש מפותלות, הוצאת גופים זרים מתוך תעלות השורש וטיפולי שורש חוזרים. כמו כן, מומחה לאנדודונטיה הוא הסמכות המקצועית לריכוז הטיפול בנפגעי חבלה דנטלית ולמעקב אחריו, שכן הנפגעים נזקקים בדרך כלל לטיפול משולב של מומחים ממספר תחומים של רפואת השיניים. לדוגמה, שן שנדחפה פנימה לתוך הלסת בעקבות פציעה תטופל על ידי כירורג פה ולסת שיחשוף את השן מתוך הלסת, אורתודונט שיחזיר את השן למקומה, אנדודונט שיבצע טיפול שורש ולעתים יש צורך אף בשיקומאי פה ולסתות להחזרת השן לתפקוד נורמלי וכן לתיקונים אסתטיים.
בעבודתו, משתמש האנדודונט בציוד מיוחד, שאינו קיים במרפאת שיניים רגילה, כגון מיקרוסקופ טיפולי, ופוצרי ניקל-טיטניום ממונעים.
התמחות באנדודונטיה אורכת כשלוש שנים.